La recherche scientifique est un domaine d'excellence de l'Université Mohammed V-Agdal qui assure le quart de la production nationale. Elle le fait grâce à la compétence scientifique et au savoir-faire de son potentiel humain. Elle compte environ 1000 enseignants-chercheurs qui conduisent leurs activités de Recherche au sein de 113 structures de recherche accréditées (laboratoires et équipes indépendantes). L'Université Mohammed V-Agdal compte aussi 7 centres d'excellence et elle est le point focal de 9 pôles de compétence.

L’enquête menée par la Présidence en 2004 auprès de ses structures de recherche permet de dégager les renseignements suivants :

• Le nombre moyen de publications annuelles est de 440 (339 publications internationales / an et 101 publications nationales / an).
• Le nombre moyen de publications par structure de recherche et par an est de 3.
• Le nombre de publications par enseignant-chercheur est de 1 publication chaque 2 ans et demi si on compte tous les enseignants-chercheurs de l’UM5A.
• Ce taux devient égal à une publication par année et demi, si on ne compte que les enseignants-chercheurs des sciences et techniques de l’UM5A (car ce sont eux qui font la totalité des publications internationales de l’UM5A)
• L’innovation et la valorisation de la recherche représentent 17% par rapport aux autres types de recherche.
• 11.5% des entités de recherche ont déposé au moins 1 brevet.